AD 2009 A raça humana está no meio de uma guerra de três vias com uma raça de gigantes alienígenas humanóides chamados Zentraedi (macho) e Meltrandi (fêmea). Depois de executar uma dobra espacial que enviou parte da Ilha de Atalia do Sul até a borda do Sistema Solar, a fortaleza espacial Macross está de volta à Terra. Durante um pequeno confronto com as forças de Zentraedi, o jovem piloto Hikaru Ichijo resgata a cantora ídolo Lynn Minmay e seu relacionamento se desenvolve quando eles estão presos em algum lugar dentro do navio. Mas logo após retornar à cidade de Macross, Minmay é capturado pelos Zentraedi, e Hikaru e a oficial feminina Misa Hayase acabam de volta à Terra - apenas para ver as conseqüências da destruição de sua civilização. Apenas uma música descoberta há eras - junto com a voz de Minmay - pode determinar o resultado da guerra.
